วิชาลับแห่งชีวิตอมตะจะกลายเป็นชนวนสู่โลหิตสาดกระเซ็นโรมรัน ณ นครหลวงเกียวโต หลังศึกกับสำนักอิตโตริวเวลาได้ล่วงเลยมากว่า 80 ปี ครานี้ในปี 1864 มันยิ "ซามุไรอมตะ" ผู้ใช้ชีวิตหลีกเร้นในแคว้นโทสะได้ต้อนรับแขกผู้มาเยือนคือ "ซากาโมโตะ เรียวมะ" จากนั้นทั้งสองก็เดินทางไปยังนครหลวงเกียวโตเพื่อเป้าประสงค์ "อารักษ์เหล่านักรบแห่งแคว้นโทสะ" ณ ที่แห่งนั้นก็มีกลุ่มคนที่รอต้อนรับพวกเขาอยู่ นั่นคือกลุ่มสำรวจพิเศษชินเซนกุมิซึ่งได้หมอยา อายาเมะบุรันโด เข้าร่วมเป็นพวก