ในที่สุดโคบาโตะก็ทำความดีจนได้คะแนนครบและได้ขวดมาครอบครองสมใจ แต่โคบาโตะยังมีหน้าที่เยียวยาจิตใจของคนต่อไปเพื่อสะสมเศษเสี้ยวของหัวใจที่ปวดร้าวให้เต็มขวด เพื่อจะได้ไปยังสถานที่ที่ตนเองอยากจะไป และเป้าหมายต่อไปของโคบาโตะก็คือคุณครูซายากะและโรงเรียนอนุบาลโยโมงิ แต่การเยียวยาจิตใจของคุณครูซายากะอาจจะไม่ง่ายอย่างที่คิด…!?