เรื่องราวของ The Legend of Zelda: Skyward Sword HD จะพาเราย้อนกลับไปยังจุดเริ่มต้นของการผจญภัยในจักรวาล The Legend of Zelda อิงตามตำนานของโลกใบนี้เมื่อทางเทพเจ้า Hylia ได้ใช้พลัง Triforce กักขัง Demon King ที่ต้องการจะครองโลก จนทำให้ประชากรบนโลกต้องขึ้นไปอยู่บนเมือง Skyloft พื้นพิภพที่อยู่บนท้องฟ้าเหนือโลกด้านล่างที่เรียกว่า The Surface จนกระทั่งวันเวลาได้ล่วงเลยมาจนมาถึงยุคของ Link ที่วันหนึ่งเขาเกิดได้พบกับเส้นทางที่จะพาเขากลับลงไปอยู่ยังโลกเบื้องล่าง The Surface หรือดินแดนเบื้องล่างที่มนุษย์เคยอาศัยอยู่ในอดีตกาล กับภารกิจต้องการพาตัวหญิงที่เขารักอย่าง Zelda กลับมา และนี่ก็คือสาเหตุการผจญภัยของ Link ในภาคนี้กับชายที่พร้อมจะทำทุกอย่างเพื่อผู้หญิงที่ตัวเองรักแม้จะต้องพลีชีพตัวเองก็ตาม