ซีแบท หรือ ยามาโตะ เรือดำน้ำนิวเคลียร์โครงการลับของประเทศญี่ปุ่น ขณะนี้กำลังถูกไล่ล่าจากกองทัพเรือโซเวียต, สหรัฐ และทางญี่ปุ่นก็มอบหมายให้กัปตันฟุคามะจิ ฮิโรชิ แห่งเรือทัตสึนามิทำภารกิจติดตามและจับกุมเรือยามาโตะ ระหว่างความวุ่นวายนี้ กัปตันไคเอะดะก็ประกาศจุดหมาย เขาต้องการให้ “ยามาโตะ” เป็นประเทศเอกราช