“APTX4869” ที่ชายชุดดําบังคับให้เขากิน... ยาอันตรายที่เป็นจุดเริ่มต้นของเรื่องราวนี้ คนที่สร้างมันขึ้นมาได้มาปรากฏตัวอยู่ตรงหน้า เอโดงาว่า โคนัน! โดยที่เธอก็กินยานั้นเข้าไปจนอยู่ในสภาพเป็นเด็กเช่นกัน นักเรียนปริศนาที่ย้ายมาใหม่ ไฮบาระ ไอ เธอมีโค้ดเนมในองค์กรว่า"เชอรี่” เพื่อให้ได้ร่างเดิมกลับคืนมาอีกครั้ง เขาจึงต้องเริ่มต้นใช้ชีวิตที่มีชะตากรรมร่วมกันกับเธอผู้เย็นชาและดูลึกลับคนนั้น...! เล่มต้นจะเป็นการรวบรวมเรื่องราวตั้งแต่การปรากฏตัวครั้งแรกของ ไฮบาระ ไอ จนถึงการต่อสู้กับองค์กรนับจากนั้น