ทีมคาคาชิใหม่ถือกำเนิดแล้ว! ผู้ที่มารับตำแหน่งหัวหน้าทีมแทนคาคาชิที่อยู่ระหว่างพักฟื้นคือ "ยามาโตะ" แห่งหน่วยลับนั่นเอง! และผู้ที่มาแทนตำแหน่งของซาสึเกะ ก็คือซาอิจากหน่วย "ราก" ซึ่งมีหน้าที่ฝึกฝนหน่วยลับ พวกนารุโตะต่างไม่พอใจกับทีท่าของซาอิ ซึ่งทำเหมือนตัวเองไร้อารมณ์ใดๆโดยสิ้นเชิง แต่ทว่า!?