ด้วยเงื่อนไขแลกเปลี่ยนกับการตายของเจ้าหน้าที่ FBI อากาอิ ชูอิจิ เจ้าหน้าที่ข่าวกรอง CIA มิซึนาชิ เรนะ หรือ คีร์ สามารถแฝงตัวกลับเข้าไปในองค์กรชุดดำได้สำเร็จ! และข้อมูลที่ได้มาก็คือสมาชิกใหม่ขององค์กรได้เคลื่อนไหวแล้ว! นั่นคือนักสอดแนมผู้มีฝีมือร้ายกาจมีทักษะในการรวบรวมข้อมูลสังเกตการณ์ และสายตาที่เฉียบคม โค้ดเนม “เบอร์เบิ้น”!! เป้าหมายของเบอร์เบิ้นคือ ไฮบาระ ไอ หรือ เชอรี่...!! บันทึกพิเศษเล่ม 2 ที่รวบรวมเรื่องราวการเผชิญหน้าที่ตื่นเต้นเร้าใจของโคนันกับคนชุดดำคนใหม่!!