เรือมิไรที่มีภารกิจซ้อมรบได้พบกับบรรยากาศโลกที่แปรปรวนไปหลังจากเจอหิมะตกในเดือนมิถุนายน และเวลาไล่เลี่ยกันพวกเขาก็เจอกับกองทัพเรือไม่ทราบสัญชาติอยู่ตรงหน้า หนึ่งในนั้นคือ เรือรบยามาโตะ เรือในยุคอดีต จากการวิเคราะห์เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นทั้งหมด ทำให้พวกเขามั่นใจว่า บัดนี้เรือมิไรพร้อมลูกเรือทั้งหมดได้เดินทางย้อนเวลามาอยู่ในยุคอดีต ยุคยุทธการมิดเวย์