ปีคริสตศักราช 1995 สหรัฐอเมริกาได้สืบทราบข่าวอันน่าหวาดหวั่นว่า อาวุธทำลายล้างสูงกำลังถูกก่อสร้างขึ้นภายใน Outer Heaven ซึ่งก็คือป้อมปราการขนาดใหญ่ที่มีที่ตั้งอยู่บริเวณ 200 กิโลเมตรทางเหนือของแคว้น Galzburg ประเทศแอฟริกาใต้ และเพื่อเป็นการแก้ไขสถานการณ์ดังกล่าว รัฐบาลสหรัฐอเมริกาได้เรียกให้หน่วย FOXHOUND ที่มีผู้บัญชาการคือทหารในตำนานที่ถูกเรียกขานกันว่า BIG BOSS มา โดยมีวัตถุประสงค์คือการปฏิบัติการแทรกซึมเข้าสู่ป้อมปราการ Outer Heaven รวมไปถึงการประเมินสถานการณ์และกำจัดสิ่งใดก็ตามที่อาจเป็นภัยคุกคามต่อซีกโลกตะวันตก