อัญมณีอินทรีย์ นอกเหนือจากไข่มุกและอำพันที่เป็นที่รู้จักกันอย่างดีแล้ว ปะการังมีค่า (Precious Coral) และกระดองเต่า (Tortoise Shell) ก็จัดเป็นอัญมณีอินทรีย์อีก 2 ชนิดที่เป็นที่นิยมอย่างมาก แต่เนื่องจากอัญมณีแห่งท้องทะเลทั้งสองชนิดนี้ได้มาจากสัตว์ทะเลที่ใกล้สูญพันธุ์ ในทางการค้าจึงมีมิติทางด้านการอนุรักษ์ที่จะต้องคำนึงถึงด้วย ปะการังมีค่า (Precious coral) ได้รับความนิยมอย่างมากในประเทศแถบเอเชียได้แก่ จีน ญี่ปุ่น ไต้หวัน และบางประเทศในแถบทะเลเมดิเตอร์เรเนียนในทวีปยุโรป โดยเฉพาะอย่างยิ่งในประเทศอิตาลี ปะการังนั้นมีหลากหลายชนิด ทั้งปะการังน้ำตื้นตามแถบแนวปะการัง ปะการังอ่อน ปะการังน้ำลึก เป็นต้น แต่จะมีแค่บางชนิดเท่านั้นที่มีคุณสมบัติพอจะนำมาทำเป็นอัญมณี ซึ่งเราเรียกว่าปะการังมีค่า ส่วนใหญ่จะอยู่ในชนิด Corallium sp. ปะการังชนิดนี้จัดเป็นปะการังที่เกิดในน้ำลึก ไม่ใช่ปะการังตามแนวปะการัง (coral reef) ที่อยู่ในน้ำตื้นที่เรามักพบเห็นกันบ่อยๆ จัดเป็นกลุ่มปะการังแคลคาเรียส (Calcareous Coral) ที่มีตั้งแต่สีขาว ชมพู ไปจนถึงสีแดงเข้ม ลักษณะเนื้อแน่นมีความวาวเหมือนกระเบื้องเคลือบ (Procelainous Luster) มีชื่อเรียกทางการค้าแตกต่างกันไปตามชนิดสายพันธุ์ หรือลักษณะปรากฏ เช่น Ox’sblood, Angel skin, Midway, Aka เป็นต้น แต่เนื่องจากปัจจุบันมีการจับปะการังเพื่อใช้ในอุตสาหกรรมอัญมณีเพิ่มขึ้นเป็นอย่างมาก จึงก่อให้เกิดความกังวลถึงผลกระทบทางสภาพแวดล้อมของแหล่งที่อยู่ของปะการังตามธรรมชาติ ตลอดจนเรื่องความเสี่ยงในการสูญพันธุ์ ในปัจจุบันจึงมีหลายประเทศที่กำหนดข้อห้ามการนำเข้าปะการังเพื่อการค้า โดย CITES หรืออนุสัญญาว่าด้วยการค้าระหว่างประเทศของชนิดสัตว์ป่าและพืชป่าที่ใกล้สูญพันธุ์ ได้จัดกลุ่มให้ปะการังมีค่าอยู่ใน Appendix II ซึ่งหมายถึงกลุ่มสิ่งมีชีวิตที่สามารถทำการค้าได้ภายใต้การควบคุมที่เข้มงวด แม้ประเทศไทยจะไม่ได้เป็นประเทศหลักที่มีการค้าปะการังมากนัก โดยนอกจากปะการังมีค่าแล้ว ในอุตสาหกรรมยังมีการใช้ปะการังคุณภาพต่ำที่ไม่เหมาะกับการใช้เป็นอัญมณี เพื่อมาทำการปรับปรุงคุณภาพอีกด้วย เช่น ปะการัง Bamboo Coral ที่ปกติมีสีขาวมักถูกนำมาย้อมสีเป็นสีแดง และขายในราคาถูก หรือ Sponge Coral ที่เป็นปะการังที่มีความพรุนสูง ก็มักถูกนำมาอัดด้วยสาร โพลีเมอร์ (polymer impregnate) และใส่สี ก่อนจะนำมาใช้ทำเป็นเครื่องประดับ นอกจากนั้นปะการังอ่อนชนิดสีดำ (Black Coral) ซึ่งเป็นชนิดAntipatharia จัดเป็นปะการังน้ำลึกชนิดหนึ่งที่มีส่วนประกอบเป็นคอนไคโอลิน (Conchiolin) ไม่ใช่แคลคาเรียส ก็ถูกนำมาใช้เป็นอัญมณีเช่นเดียวกัน ปะการังเป็นสารแคลเซียมคาร์บอเนต รวมทั้งเป็นสารอินทรีย์ที่มีความแข็งที่ต่ำ ดังนั้นในการใช้งานต้องระมัดระวังเป็นพิเศษในเรื่องของการถูกสารเคมีหรือการขูดขีดกระดองเต่า (Turtoise Shell) กระดองเต่าเป็นอัญมณีอินทรีย์ซึ่งได้มาจากเต่าทะเลชนิดเต่ากระ (Hawksbill) ซึ่งจัดเป็นสัตว์ใกล้สูญพันธุ์อีกชนิดหนึ่งของโลกเช่นเดียวกับปะการัง เต่าทะเลชนิดนี้พบในบริเวณทะเลน้ำอุ่น แถบอินโดนีเซีย ทะเลอันดามัน ทะเลแคริบเบียน มหาสมุทรแปซิฟิก เอเชียตะวันออกเฉียงใต้ บาฮามาส อินดิสตะวันตก และมหาสมุทรอินเดีย ส่วนใหญ่จะนำกระดองเต่าทะเลที่โตเต็มที่มาทำเป็นเครื่องประดับ เพราะมีความสวยงามของลายมากกว่าเต่าที่ยังไม่โตเต็มวัย การประเมินค่าความสวยงามของกระดองเต่าคือยิ่งโปร่งใสยิ่งมีค่า พื้นสีกระดองเป็นสีขาวและมีจุดดำๆ ทั้งนี้ความเข้มของจุดจะเป็นตัวเพิ่มมูลค่าของกระดองเต่านั่นเอง ชื่อทางการค้าจะถูกแบ่งตามพันธุ์ของเต่า ทะเล ได้แก่ กระดองเต่ากระ (Hawksbill tortoiseshell) โดยปกติจะมีสีเหลืองและน้ำตาล หรือสีดำ รวมทั้งสีขาวเป็นจุดด่างๆ ส่วนใหญ่จะกึ่งโปร่งใสถึงโปร่งแสง กระดองเต่า Green turtle มาจากเต่าทะเลพันธุ์ Chelonia mydas ซึ่งสามารถพบได้ในแถบทะเลน้ำอุ่น โดยมีลวดลายบนกระดองเป็นริ้วๆ สวยงาม มีลักษณะสีน้ำผึ้งถึงสีน้ำผึ้งอมเขียว และ สีน้ำตาลถึงสีดำ ลักษณะที่สังเกตได้ของกระดองเต่า คือมี สีเหลืองลวดลายสีน้ำตาล โดยมีลักษณะที่ใช้แยก จากพลาสติกซึ่งนิยมทำมาเลียนแบบ คือเมื่อใช้แว่นขยายหรือกล้องที่มีกำลังขยายสูง จะเห็นว่าสีที่เกิดเป็นลวดลายของกระดองเต่านั้นจะเกิดจากแผ่นสีขนาดเล็กๆ คล้ายเม็ดสีเรียงตัวกัน ในขณะที่พลาสติกจะมีลายของสีที่สม่ำเสมอ บางครั้งจะมี การพลิ้วของลายสี ซึ่งต่างจากธรรมชาติกระดองเต่าจัดเป็นอัญมณีอินทรีย์อีกชนิดที่เป็นที่นิยมอย่างมากในอดีต และเนื่องจากกระดองเต่าเป็นสารอินทรีย์ประเภทโปรตีนที่มีความแข็งต่ำ ดังนั้น ในการใช้งานต้องระมัดระวังเป็นพิเศษในเรื่องของการถูกสารเคมีหรือการกระแทกต่างๆ