โฮชิโนะ เท็ตสึโร่ ชายผู้โดดเดี่ยว เขาได้รับตั๋วขึ้นรถไฟรถด่วนกาแล็กซี่ 999 จากผู้หญิงปริศนาที่ชื่อเมเธล โดยมีเงื่อนไขว่าเขาจะต้องเดินทางพร้อมไปกับเธอ เท็ตสึโร่ที่มีความตั้งใจจะเดินทางไปสถานีดาวเคราะห์ที่ยอมบริจาคร่างกายจักรกลให้กับเขา เขาจึงยอมรับเงื่อนไขแต่โดยดี โดยหารู้ไม่ว่าคนที่ขึ้นรถไฟขบวนนี้แล้วจะย้อนกลับหรือจะลงกลางทางไม่ได้เด็ดขาด และว่ากันว่าคนที่ขึ้นรถไฟขบวนนี้ไปถึงแอนโดรเมด้าแล้วย้อนกลับมา จะไม่มีผู้โดยสารรอดชีวิตกลับมาอีกเลย!!