นิยายอิงประวัติศาสตร์ตอนต่อจาก พ่อ ภาค 1 พระเจ้าบุเรงนองตีกรุงศรีอยุธยาได้ใน พ.ศ. 2112 และสถาปนาพระมหาธรรมราชาขึ้นเป็นพระเจ้ากรุงศรีอยุธยามีพระนามว่าสมเด็จพระมหาธรรมราชา ขณะนั้นพระนเรศวรทรงมีพระชนมายุได้ 14 พรรษาและประทับอยู่ที่กรุงหงสาวดีจนมีพระชนมายุ 16 พรรษา ศึกษาตำราพิชัยสงคราม กลศึก และการใช้อาวุธชนิดต่างๆจากพระเจ้าบุเรงนองจึงเสด็จกลับกรุงศรีอยุธยา เมื่อพระชนมายุได้ 18 พรรษาทรงได้รับสถาปนาเป็นองค์รัชทายาทแห่งกรุงศรีอยุธยาไปครองเมืองพิษณุโลก ทรงรวบรวมลูกหลานของข้าราชการตั้งแต่อายุ 13 ปีขึ้นไปมาฝึกอาวุธและทรงให้มีการประลองอาวุธคัดเลือกผู้มีฝีมือมาเป็นทหารของพระองค์ ทรงปรับปรุงยุทธวิธีการสู้รบของทหารกรุงศรีอยุธยาตามตำราพิชัยสงครามของไทยและพม่า ทรงปรับปรุงกองทัพช้าง กองทัพม้า และกองทัพทหารเดินเท้า และจัดตั้งกองทัพพิเศษเคลื่อนที่เร็ว กองเรือแม่น้ำ กองทหารนาวิกโยธิน กองทหารปืนคาบชุด และกองทหารปืนใหญ่ เป็นต้น เรื่องดำเนินไปจนถึงพระเจ้าบุเรงนองถูกวางยาพิษจนเสด็จสวรรคตและมังชัยสิงห์ขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้ากรุงหงสาวดีมีพระนามว่าพระเจ้านันทบุเรง พระนเรศวรเสด็จไปตีเมืองรุมเมืองคังได้สำเร็จ ทรงประกาศอิสระภาพจากหงสาวดีที่เมืองแครง ทรงป้องกันกรุงศรีอยุธยาอย่างเข้มแข็งจากกองทัพพม่านำโดยพระเจ้านันทบุเรงจนข้าศึกต้องยกทัพกลับไป พ่อ ภาค 2 จบลงด้วยการเสด็จสวรรคตของสมเด็จพระมหาธรรมราชา และพระนเรศวรเสด็จขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้ากรุงศรีอยุธยาใน พ.ศ. 2133