เงาปริศนาข้ามเวลาเป็นเรื่องราวของศาสตราจารย์นาธาเนียล วินเกต เพียสลีอาจารย์ด้านเศรษฐศาสตร์ของมหาวิทยาลัยมิสคาโทนิในอาร์คัมที่ตกอยู่ในอาการความทรงจำเสื่อมที่จู่ๆก็เข้ามาครอบงำ ทำให้เขาเห็นภาพแปลกประหลาดของสิ่งก่อสร้างโบราณขนาดใหญ่ที่มีอักขระโบราณแกะสลักไว้ในตามที่ต่างๆและห้องสมุดขนาดใหญ่ที่เป็นปริศนา ราวกับเขากำลังตกอยู่ในฝันร้าย โดยตัวเขาเองเข้าไปอยู่ในร่างของคนอื่นและร่างของเขาถูกผู้อื่นเข้าครอบครองเอาไว้แต่แล้วจู่ๆอาการความจำเสื่อมของเขาก็หายไป เขากลับมาเป็นตัวของตัวเองอีกครั้ง เมื่อเขาได้สติคืนกลับมา เขาพยายามศึกษาถึงเหตุการณ์ที่บุคคลต่างๆได้พบกับอาการความทรงจำเสื่อมเช่นเดียวกับเขา ซึ่งการศึกษาครั้งนี้นำเขาไปยังทะเลทรายของออสเตรเลียอันรกร้าง ที่ๆเขาได้พบกับความจริงอันน่าสะพรึงกลัวของเรื่องราวในฝันร้ายของเขา